Ο χρόνος της αρχικής εγκατάστασης των Εβραίων στη Θεσσαλονίκη παραμένει ως τώρα άλυτο ιστορικό πρόβλημα. Κάποιοι ερευνητές πιστεύουν ότι από την εποχή της ίδρυσής της (315 π.Χ.) η Θεσσαλονίκη είχε και Εβραίους κατοίκους. Κάποιοι άλλοι θεωρούν ότι οι Εβραίοι εγκαταστάθηκαν αρχικά στη Θεσσαλονίκη το 140 π.Χ. προερχόμενοι από την Αλεξάνδρεια. Εβραίοι στη Μακεδονία αναφέρονται στον Φλάβιο Ιώσηπο και σε διασωθέν γράμμα του 10 μ.Χ. από τον Ηρώδη προς τον Καλλιγούλα.

Μια άλλη σημαντική γραπτή μαρτυρία για την ύπαρξη οργανωμένης Εβραϊκής Κοινότητας στη Θεσσαλονίκη, βρίσκεται στις πράξεις των Αποστόλων. Στο σχετικό χωρίο διαβάζουμε ότι ο Απόστολος Παύλος, που επισκέφθηκε την πόλη γύρω στο 50 μ.Χ. δίδαξε στη συναγωγή της επί τρία συνεχή Σάββατα.

Υπάρχουν αρκετές μαρτυρίες για την ύπαρξη Εβραϊκής Κοινότητας στη Θεσσαλονίκη στα Ρωμαϊκά και στα Βυζαντινά χρόνια.

Οι Εβραίοι αυτοί, οι λεγόμενοι Ρωμανιώτες, είχαν εξελληνίσει τα ονόματά τους και μιλούσαν την Ελληνική γλώσσα. Από τα μέσα του 14ου αιώνα, η Θεσσαλονίκη θα δεχθεί και άλλους Εβραίους προερχόμενους από την Κεντρική Ευρώπη, την Σικελία και την Ιταλία. Το καθοριστικό όμως γεγονός για την εξέλιξη της Ισραηλιτικής Κοινότητας είναι η εγκατάσταση στην πόλη 15-20.000 Ισπανοεβραίων, των λεγόμενων Σεφαραδίμ, που έρχονται από το 1492, διωγμένοι από την Ισπανία με διάταγμα των καθολικών βασιλιάδων Φερδινάνδου και Ισαβέλλας. Σ' αυτούς θα προστεθούν και άλλοι εξόριστοι Εβραίοι από τη Σικελία, την Πορτογαλία και τη Βόρεια Αφρική. Όλοι αυτοί θα εγκατασταθούν στην σχεδόν έρημη, μετά την άλωσή της (1430) από τους Τούρκους Θεσσαλονίκη, θα καταλάβουν τις συνοικίες από την Εγνατία μέχρι την παραλία και από το Βαρδάρι μέχρι τη Διαγώνιο, θα επικρατήσουν δημογραφικά και θα μεταβάλουν την πόλη σε εμπορικό κέντρο πρώτης γραμμής. Οι Σεφαραδίμ θα διακριθούν στην υφαντουργία, θα δουλέψουν στα ορυχεία του Γαλλικού και της Σιδηρόκαψας, θα ιδρύσουν το πρώτο τυπογραφείο στη Θεσσαλονίκη γύρω στα 1520, και θα αναδείξουν μεγάλες προσωπικότητες του πνεύματος, ραββίνους, ιατρούς, φιλοσόφους, ποιητές, νομοδιδάσκαλους. Έτσι η φήμη της Εβραϊκής Κοινότητας Θεσσαλονίκης θα απλωθεί σ' ολόκληρη την Ευρώπη. Και ακριβώς αυτή την εποχή η Θεσσαλονίκη θα τιμηθεί με τον τίτλο της "Μητέρας εν Ισραήλ".

Η περίοδος της μεγάλης ακμής θα ανακοπεί στις αρχές του 17ου αιώνα. Το εμπόριο θα κλονιστεί με την ανακάλυψη νέων θαλάσσιων δρόμων και η ίδια η Θεσσαλονίκη θα δοκιμαστεί από διαδοχικές πυρκαγιές και επιδημίες. Το καθοριστικό όμως γεγονός είναι η εμφάνιση του ψευτομεσία Σαμπετάϊ Σεβή (1655). Τότε ο Σαμπετάϊ Σεβή θα προσχωρήσει στον Μωαμεθανισμό για να σώσει τη ζωή του. Θα τον ακολουθήσουν περίπου 300 Εβραϊκές οικογένειες.

Η ομαδική αποστασία θα κλονίσει κυριολεκτικά την Κοινότητα που θα συνέλθει μόνο προς τα μέσα του 19ου αιώνα. Θα προηγηθούν κάποια μέτρα εκσυγχρονισμού της Οθωμανικής διοικητικής μηχανής αλλά και της ίδιας της πόλης της Θεσσαλονίκης. που επεκτείνεται και αποκτά ηλεκτροφωτισμό, τραμ, σύγχρονο λιμάνι, σιδηροδρομική σύνδεση με την Ευρώπη κλπ. Από το 1873 οι Εβραίοι δέχονται προχωρημένη Ευρωπαϊκή παιδεία χάρη στις σχολές της ALLIANCE ISRAELITE UNIVERSELLE. Την ίδια περίοδο κυκλοφορεί στη Θεσσαλονίκη η πρώτη εφημερίδα, η Εβραϊκή "EL LUNAR" (1864) και εγκαινιάζεται η βιομηχανική ανάπτυξη με τον μεγάλο ατμόμυλο των Ιταλοεβραίων Αλλατίνι (1854).

Οι Εβραίοι κρατούν το μεγαλύτερο μέρος του εμπορίου , εξασκούν όλα τα επαγγέλματα και αποτελούν την πλειοψηφία του εργατικού πληθυσμού. Γι' αυτό η πόλη ερημώνει τα Σάββατα και τις μεγάλες Εβραϊκές γιορτές. Το 1891 η Εβραϊκή Κοινότητα ιδρύει τους λαϊκούς συνοικισμούς του Βαρώνου Χιρς και της Καλαμαριάς και προικίζεται με μια αλυσίδα λαμπρών φιλανθρωπικών ιδρυμάτων, εγκαθιστώντας ένα σύστημα αλληλοβοήθειας που όμοιό του δεν θα συναντήσουμε σε καμιά άλλη Κοινότητα της διασποράς. (Ορφανοτροφεία Καρόλου Αλλατίνι και Μάϊρ Αμποάβ, Νοσοκομείο Χιρς, ’συλο Φρενοβλαβών, Γηροκομείο Σαούλ Μοδιάνο, κ.α.) Η Κοινότητα διαθέτει επίσης πάνω από 30 μεγάλες συναγωγές, δεκάδες ευκτηρίους οίκους, σχολεία και τη μεγάλη παραδοσιακή σχολή "Ταλμούδ Τορά Αγκαδόλ". Διαθέτει τέλος πλήρη οργάνωση περίθαλψης και ενίσχυσης, των αναξιοπαθούντων μελών της και παροχής πάσης φύσεως υπηρεσιών (θρησκευτικών, υγειονομικών κ.α.). Μετά τη Νεοτουρκική επανάσταση (1908) ιδρύεται η σοσιαλιστική οργάνωση Φεντερασιόν και εμφανίζονται και οι πρώτοι σιωνιστικοί σύλλογοι (Μπενέ Σιών, Καδίμα, Μακαμπή, Μισραχή, κ.α.).

Από τις 26/10/1912 η Θεσσαλονίκη είναι και πάλι Ελληνική. Οι ηγέτες της Κοινότητας γίνονται αμέσως δεκτοί από τον βασιλιά Γεώργιο και τον πρωθυπουργό Ελευθέριο Βενιζέλο που υπόσχονται σεβασμό των προνομίων της Κοινότητας και πλήρη ισονομία.

Σύμφωνα με απογραφή των Ελληνικών αρχών, οι Εβραίοι της Θεσσαλονίκης αριθμούσαν τότε 61.439 ψυχές, έναντι 45.867 Μουσουλμάνων, 39.936 Ελλήνων και 10.600 ατόμων που ανήκαν σε άλλες εθνότητες.

Λίγα χρόνια αργότερα η Εβραϊκή Κοινότητα θα δεχθεί ένα συντριπτικό χτύπημα, με την πυρκαγιά του 1917, καθώς 53.000 μέλη της μένουν άστεγα. Καταστρέφονται επίσης όλες σχεδόν οι συναγωγές, τα σχολεία και οι κτηριακές εγκαταστάσεις των φιλανθρωπικών ιδρυμάτων.

Έτσι πολλοί Εβραίοι θα μεταναστεύσουν στο εξωτερικό στη διάρκεια του μεσοπολέμου, ιδιαίτερα ύστερα από το θλιβερό γεγονός του εμπρησμού του συνοικισμού Κάμπελ από εξτρεμιστικά στοιχεία (1931). Οι περισσότεροι θα εγκατασταθούν στη γη του Ισραήλ. Παρ' όλα αυτά η Κοινότητα θα αριθμεί, το 1940, πάνω από 50.000 ψυχές. Οι Εβραίοι της Θεσσαλονίκης ζουν αρμονικά με τους Χριστιανούς συμπολίτες τους και εκτελούν στο ακέραιο το καθήκον τους απέναντι στην Ελληνική πατρίδα, στον πόλεμο του 40-41, καθώς 12.989 απ' αυτούς θα στελεχώσουν τις ένοπλες δυνάμεις (343 αξιωματικοί). Οι απώλειές τους ανέρχονται σε 513 νεκρούς και 3.743 τραυματίες.

Η υποδούλωση της Θεσσαλονίκης στις δυνάμεις του άξονα (9-4-41) θα σημάνει την αρχή του τέλους. Οι Ναζί εγκαινιάζουν τα αντιεβραϊκά μέτρα από τις πρώτες κιόλας μέρες. Απαγορεύουν την είσοδο των Εβραίων σε καφενεία, ζαχαροπλαστεία κλπ. Επιτάσσουν το νοσοκομείο Χιρς και πολλά Εβραϊκά σπίτια, φυλακίζουν τα μέλη του Κοινοτικού Συμβουλίου, λεηλατούν τα γραφεία της Κοινότητας, καταστρέφουν τα αρχεία και τις Εβραϊκές βιβλιοθήκες. Στις 11-7-1942 οι Εβραίοι άνδρες από 18-45 χρονών διατάζονται να παρουσιαστούν στην πλατεία Ελευθερίας. Εκεί, αφού υφίστανται απερίγραπτες ταπεινώσεις, καταγράφονται και οδηγούνται σε καταναγκαστικά έργα. Η Κοινότητα θα καταβάλει λύτρα 2,5 δις δρχ. για να τους απελευθερώσει. Στο τέλος του ίδιου χρόνου κατάσχονται οι Εβραϊκές επιχειρήσεις και καταστρέφεται το νεκροταφείο.

Από το Φεβρουάριο του 1943 οι Εβραίοι υποχρεώνονται να φορούν το κίτρινο άστρο και να κατοικούν σε ορισμένες μόνο συνοικίες (γκέτο). Στις 15 Μαρτίου 1943 αναχωρεί ο πρώτος συρμός με προορισμό τα στρατόπεδα του θανάτου ’ουσβιτς-Μπιερκενάου. Θα ακολουθήσουν, μέχρι τον Αύγουστο του 1943, άλλες δεκαοχτώ αποστολές, που θα μεταφέρουν όλους σχεδόν τους Εβραίους στον τόπο της εξόντωσης, στοιβαγμένους σε βαγόνια που προορίζονταν για ζώα. Ένας μόνο ασήμαντος αριθμός θα μπορέσει, με τη βοήθεια Χριστιανών φίλων, να διαφύγει ή να ενταχθεί στην αντίσταση. Αυτοί θα επιστρέψουν στη Θεσσαλονίκη, με την απελευθέρωσή της, τον Οκτώβριο του 1944 και μαζί με τους ελάχιστους επιζώντες των στρατοπέδων του θανάτου, θα προσπαθήσουν να οικοδομήσουν μια καινούρια ζωή μέσα από τα ερείπια.

Σήμερα, παρά τον αφανισμό του 96% των μελών της, η Ισραηλιτική Κοινότητα της Θεσσαλονίκης είναι ξανά μια ζωντανή πραγματικότητα.

Οι προαιώνιοι ψαλμοί αντηχούν στις τρεις συναγωγές της, τα καινούρια βλαστάρια της φοιτούν σ΄ένα άρτιο Δημοτικό Σχολείο. Ένας υπερσύγχρονος οίκος ευγηρίας φιλοξενεί τους απόμαχους της ζωής κι ένα κοινοτικό κέντρο συγκεντρώνει τη νεολαία. Έτσι, παρά την τραγική δοκιμασία του, ο Εβραϊσμός της Θεσσαλονίκης κατάφερε να ξαναγεννηθεί από την τέφρα του, προσφέροντας ένα απτό παράδειγμα ζωτικότητας και πνευματικής δύναμης.

Όπως είναι γνωστό από τους 50.000 Εβραίους της προπολεμικής Θεσσαλονίκης σώθηκαν λιγότερο από 2.000.

Αρχικά, με την απελευθέρωση της πόλης από τους Ναζί, (Οκτώβριος 1944), εμφανίστηκαν οι λίγοι Εβραίοι που εντάχθηκαν στην αντίσταση ή κρύφτηκαν, μέσα στην Ελλάδα. Αυτοί συγκεντρώθηκαν στη συναγωγή Μοναστηριωτών, τη μόνη που διασώθηκε και εξέλεξαν μια διοικούσα επιτροπή που κατάφερε να ξαναπάρει τα ακίνητα της Κοινότητας και να οργανώσει μία υποτυπώδη έστω κοινοτική ζωή, με τη βοήθεια οργανισμών όπως η JOINT και η HIAS. Από το Μάϊο του 1945 άρχισαν να καταφθάνουν σταδιακά και οι διασωθέντες των στρατοπέδων του θανάτου.

Το μεγαλύτερο μέρος των διασωθέντων είχαν μείνει χωρίς οικογένειες και μέσα συντήρησης. Όσοι κατάφεραν να ξαναπάρουν τα σπίτια τους και τα μαγαζιά τους τα βρήκαν κενά, λεηλατημένα από τους Ναζί και τους συνεργάτες τους. Στεγάζονται στα κτίρια κοινοτικών ιδρυμάτων και σιτίζονται σε συσσίτια που οργανώνει η Κοινότητα. Πολλοί απ' αυτούς, μέσα στη δεκαετία του 1950, μεταναστεύουν μαζικά, κυρίως στις ΗΠΑ και στο Ισραήλ. Παρ' όλα αυτά η μικρή πλέον Εβραϊκή Κοινότητα αρχίζει να οργανώνεται και με το πέρασμα του χρόνου η ζωή των Εβραίων της Θεσσαλονίκης παίρνει τον κανονικό της δρόμο.

Σήμερα η κοινότητα διατηρεί τρεις συναγωγές και διαθέτει ένα ραββίνο. Για τις ανάγκες της Σεχιτά και του Μοελούθ καλείται θρησκευτικός λειτουργός από την Αθήνα.

Ως προς την παιδεία, η Κοινότητα διαθέτει εβραιοδιδασκάλους μετακαλουμένους από το Ισραήλ ή Ελληνοεβραίους που εκπαιδεύτηκαν εκεί. Τα πρώτα μεταπολεμικά χρόνια η Κοινότητα είχε συμβληθεί με δύο ιδιωτικά δημοτικά σχολεία, ώστε τα παιδιά να είναι συγκεντρωμένα και να μπορούν να διδάσκονται στοιχεία Εβραϊκής γλώσσας και θρησκείας. Από το 1979 η Κοινότητα διαθέτει δικό της ιδιωτικό δημοτικό σχολείο και νηπιαγωγείο και κάθε καλοκαίρι οργανώνει παιδικές κατασκηνώσεις. Η Κοινότητα διατηρεί επίσης κοινοτικό κέντρο με αίθουσες για τη νεολαία και το μοναδικό στην Ελλάδα άσυλο γερόντων.

Το 1983 η Ισραηλιτική Κοινότητα Θεσσαλονίκης ανήγειρε με δαπάνη της τον "Οίκο της Ελλάδος", στο Πανεπιστήμιο της Ιερουσαλήμ. Για το έργο αυτό τιμήθηκε από την Ακαδημία Αθηνών με χρυσό μετάλλιο. Η Κοινότητα τιμήθηκε επίσης από τον Δήμο Θεσσαλονίκης που, από το 1986, αφιέρωσε μία πλατεία της πόλης στη μνήμη των θυμάτων του Ολοκαυτώματος.