Σύμφωνα με τους οραματισμούς των ιδρυτών της η Φιλική Εταιρεία επρόκειτο να αποτελέσει μια μυστική ολιγομελή οργάνωση επίλεκτων Ελλήνων. Οι αλλοεθνείς αποκλείονταν από τις τάξεις της.

Τα πρώτα χρόνια η οργάνωση συνάντησε δυσκολίες στη στελέχωσή της και τα μέλη της δεν υπερέβαιναν τα τριάντα. Ομως το 1818 οι Φιλικοί άρχισαν να επισκέπτονται τις ελληνικές κοινότητες για να κατηχούν νέα μέλη με αποτέλεσμα να αρχίσουν να αυξάνονται ραγδαία οι μυημένοι. Το 1819 μυήθηκαν στη Φιλική Εταιρεία οι περισσότεροι πρόκριτοι της Πελοποννήσου και των νησιών του Αιγαίου και αρκετοί οπλαρχηγοί. Τον επόμενο χρόνο τα μέλη της ξεπερνούσαν τις 3.000. Αυτή η επιτυχής πορεία της Φιλικής Εταιρείας οφείλεται σε μεγάλο ποσοστό στο γεγονός, ότι καλλιεργούσαν την ιδέα πως η κίνησή τους υποστηριζόταν από τη Ρωσία και ότι είχαν την ευλογία του Πατριάρχη.

Ο "όρκος των Φιλικών", φανταστική σύνθεση του Θεόφιλου Δ. Τσόκου (1849). Ο υποψήφιος Φιλικός ορκίζεται από έναν ιερέα πάνω σε ένα εικόνισμα της Παναγίας

Η Ανώτατη Αρχή περιλάμβανε αρχικά τους ιδρυτές της οργάνωσης. Στο διάστημα 1815-1818 διευρύνθηκε με την είσοδο σε αυτήν του Αντωνίου Κομιζόπουλου, του Νικολάου Γαλάτη, του Ανθιμου Γαζή, του Αθανάσιου Σέκερη και του Παναγιώτη Αναγνωστόπουλου.

Οσο όμως απλωνόταν η Φιλική Εταιρεία τόσο περισσότερο ένιωθαν οι ιδρυτές της την ανάγκη να αναζητήσουν έναν αρχηγό με πανελλήνια ακτινοβολία και διεθνή αναγνώριση. Ετσι στις αρχές του 1820 οι Φιλικοί πλησίασαν τον Ιωάννη Καποδίστρια, υπουργό εξωτερικών της Ρωσίας και του πρόσφεραν την ηγεσία της Φιλικής Εταιρείας. Οταν εκείνος αρνήθηκε, πρόσφεραν την αρχηγία στον Αλέξανδρο Υψηλάντη που είχε σταδιοδρομήσει με επιτυχία στον ρωσικό στρατό.

Οι τρεις ιδρυτές της Φιλικής Εταιρείας είχαν ως στόχο να προετοιμάσουν μια εξέγερση που θα ελευθέρωνε το Γένος και την Πατρίδα από τον τουρκικό ζυγό. Ο Αλέξανδρος Υψηλάντης, όταν ανέλαβε τη θέση του "Γενικού Επιτρόπου της Αρχής", ξεκίνησε εσπευσμένα τις εργασίες για την προετοιμασία της επανάστασης. Οι μυημένοι ήταν πλέον χιλιάδες, το "μυστικό" κυκλοφορούσε σε όλο τον ελλαδικό και βαλκανικό χώρο και στις παροικίες με αποτέλεσμα να κιδυνεύει ανά πάσα στιγμή να προδοθεί στους Τούρκους.

Ο Υψηλάντης, ο οποίος θαύμαζε τον Ρήγα Βελεστινλή και τις ιδέες του, επιδίωξε τη συνεργασία με τους άλλους βαλκανικοιύς λαούς. Απευθύνθηκε στους Σέρβους και στους Βλάχους αλλά οι προσπάθειές του δεν ευοδώθηκαν. Ομως στις αρχές του 1821 υπήρχαν καλύτερες προυποθέσεις για το ξέσπασμα της ελληνικής επανάστασης στη βόρεια Βαλκανική και συγκεκριμένα στις Παραδουνάβιες Ηγεμονίες διότι διοικούνταν από Φαναριώτες Ηγεμόνες και ο τουρκικός στρατός απαγορευόταν να σταθμεύει στην περιοχή. Η επανάσταση ξέσπασε ουσιαστικά στις 22 Φεβρουαρίου του 1821 όταν ο Υψηλάντης διέβη τον Προύθο ποταμό και εισήλθε στις Παραδουνάβιες Ηγεμονίες.

Από τον Ιανουάριο του 1821 είχε σταλεί στην Πελοπόννησο ο Γρηγόριος Δικαίος ή Παπαφλέσσας για να ξεσηκώσει τους προκρίτους και τους ιερείς. Τον Μάρτιο η Πελοπόννησος πήρε τα όπλα και τον Ιούνιο έφθασε στην Ελλάδα ο Δημήτριος Υψηλάντης ως πληρεξούσιος του αδελφού του προκειμένου να αναλάβει την αρχηγία του Αγώνα, όμως γρήγορα παραμερίστηκε από τους ντόπιους προκρίτους και οπλαρχηγούς. Ηταν πλέον φανερό ότι το Γένος μπορούσε να διεξάγει τον Αγώνα του και χωρίς την καθοδήγηση της Φιλικής Εταιρείας.