Γεννήθηκε το 1923 στην Αθήνα. Αξιωματικός του ελληνικού στρατού, πήρε μέρος στις επιχειρήσεις του Εμφυλίου Πολέμου, υπηρέτησε στο στρατόπεδο της Μακρονήσου και αναμείχθηκε στο αποτυχημένο πραξικόπημα του ΙΔΕΑ το 1951. Μετείχε ενεργά στο πραξικόπημα της 21ης Απριλίου του 1967. Μετά το πραξικόπημα ανέλαβε διοικητής της ΕΣΑ. Οπαδός της αδιάλλακτης πτέρυγας των πραξικοπηματιών. Στις 25 Νοεμβρίου του 1973, μετά τα γεγονότα στο Πολυτεχνείο, ανέτρεψε με πραξικόπημα τον Γεώργιο Παπαδόπουλο. Πρόεδρος της "Δημοκρατίας" ορίστηκε ο αντιστράτηγος Φαίδων Γκιζίκης, πρωθυπουργός της κυβέρνησης ο Αδαμάντιος Ανδρουτσόπουλος, αλλά ο Ιωαννίδης ήταν στην πραγματικότητα ο ισχυρός άνδρας του καθεστώτος, που αποδείχθηκε ακόμη σκληρότερο από το προηγούμενο. Οργάνωσε και διεύθυνε το πραξικόπημα κατά του Μακαρίου στις 15 Ιουλίου 1974 στην Κύπρο, που οδήγησε στην τουρκική εισβολή. Μετά τη Μεταπολίτευση, το καλοκαίρι του 1975, δικάστηκε μαζί με τους άλλους πρωταιτίους της Χούντας. Κρίθηκε ένοχος "εσχάτης προδοσίας" και καταδικάστηκε σε θάνατο. Η ποινή του μετατράπηκε σε ισόβια δεσμά, ενώ υποβιβάστηκε στο βαθμό του στρατιώτη. Τον Νοέμβριο του 1975 προσήχθη σε δίκη για τα γεγονότα τοτυ Πολυτεχνείου του 1973 και καταδικάστηκε σε ισόβια δεσμά. Εκτοτε κρατείται στις φυλακές Κορυδαλλού.